Zakres prac remontowych, był bardzo szeroki. Z zewnątrz obejmował m.in.: wzmocnienie i izolację fundamentów kościoła, czyszczenie i naprawę elewacji, remont wieży, wymianę konstrukcji dzwonu, remont dachu i schodów wejściowych (mają one teraz podjazd dla osób niepełnosprawnych). Wewnątrz wymieniono tynki, boazerię i podłogę, wyremontowano chór i przebudowano instalację centralnego ogrzewania. Otoczenie kościoła zyskało nową kostkę brukową i monitoring.

Przy remoncie kościoła pełne ręce roboty mieli także archeolodzy. Odkryli wejście do tajemniczej, nieznanej dotąd krypty, czaszkę pochodzącą prawdopodobnie z XV wieku, a także kamienny fundament, będący podstawą do barokowego, XVII wiecznego ołtarza. Najwięcej jednak emocji wzbudzały podejrzenia, że w trakcie prac natrafiono na fundamenty romańskiej świątyni. Niestety, nie potwierdziły się one, choć archeolodzy nie wykluczają, że niewielka świątynia (6 na 9 metrów) mogła znajdować się w innym miejscu grodu.

Prace trwały od kwietnia 2018 do lutego 2019 r., ich koszt oszacowano na ok. 2,4 mln zł. Projekt „Konserwacja i zachowanie zabytkowego kościoła Św. Małgorzaty w Bytomiu” dofinansowany został z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Obszaru Strategicznej Interwencji.